Pobranie próbki tkanki żołądka i jelita. Ze względu na bardzo małą grubość ściany żołądka i jelit, ich nakłucie nalepo, przez skórę byłoby bezcelowe.

Wewnętrzną powierzchnię całego przewodu pokarmowego można jednakże obejrzeć przez wziernikowanie endoskopem. Przy tej okazji jest też możliwe pobranie próbek materiału do badania histopatologicznego. Niebezpieczeństwo uszkodzenia nabłonka w takim badaniu jest znikome, najbardziej niebezpieczne jest ryzyko krwawienia wskutek pobrania tkanek.

Z odcinków jelita cienkiego nie nadających się do badania wziernikiem ze względu na ich gorszą dostępność, pobiera się próbki tkanek metodą biopsji ssącej. W tym celu wprowadza się przez usta, przełyk i żołądek, aż do pożądanego miejsca jelita, cienką sondę i przez zassanie wciąga się do jej ujścia bardzo niewielką ilość błony śluzowej. Za pomocą małego nożyka wbudowanego w sondę odcina się cząstkę śluzówki i wraz z sondą wyciąga na zewnątrz w celu przeprowadzenia szczegółowego badania. Późniejsze powikłania w postaci silniejszych krwawień żołądka lub jelit zdarzają się niezwykle rzadko.

Celowana biopsja wątroby polega na tym, że najpierw wykonuje się wziernikowanie wnętrza jamy brzusznej (laparoskopia), co pozwala na wyszukanie optymalnego miejsca, z którego powinna być pobrana tkanka.

Potem przez powłoki brzuszne wkłuwana jest igła i pod kontrolą wziernika doprowadzana do miejsca pobrania próbki.